各給惠國為了保護本國工、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，在其普惠制實施方案中，都制定了保護措施。保護措施可分為四大類：
(1)例外條款（或稱免責條款）：當從受惠國優(yōu)惠進口某項產(chǎn)品的數(shù)量增加到對給惠國相同產(chǎn)品或有直接競爭性產(chǎn)品的生產(chǎn)者造成或可能造成嚴重損害時，給惠國保留對該項產(chǎn)品完全取消或部分取消關稅優(yōu)惠待遇的權利。
(2)預定限額：是給惠國根據(jù)本國和受惠國的經(jīng)濟及貿(mào)易情況，預先統(tǒng)一或個別地根據(jù)一定比例規(guī)定一定時期（一般為1年）內某項產(chǎn)品的優(yōu)惠進口限額，達到這個限額，將（或可能將）停止或取消給予的關稅優(yōu)惠待遇。預定限額包括：最高限額、關稅配額、國家最大額度以及固定免稅額度。
(3)競爭需要標準：又稱競爭需要條款，美國采用這種保護措施。其規(guī)定是：如果在一個年度內，來自某一受惠國家（或地區(qū)）的某項產(chǎn)品優(yōu)惠進口額，超過競爭需要限額或超過美國該項產(chǎn)品進口總額的50％，則取消下一年度該受惠國(或地區(qū))這項產(chǎn)品的優(yōu)惠待遇。競爭需要限額每年核定，隨美國國民生產(chǎn)總值的增長逐年略有提高。
(4)“畢業(yè)”條款：美國從1981年4月1日起率先采用的一種保護措施。即對一些受惠國家（或地區(qū)），或對他們的某些產(chǎn)品，當其在國際市場上顯示出較強的競爭能力時，取消其享受優(yōu)惠的資格，稱其為“畢業(yè)”（graduation）。1988年1月29日，美國政府宣布：從1989年1月1日起，取消新加坡、南朝鮮、臺灣和香港出口至美國的產(chǎn)品享受普惠制待遇的資格，這是美國援用“畢業(yè)”條款的典型實例。
歐洲經(jīng)濟共同體有類似“畢業(yè)”條款的說法，稱之謂“區(qū)別對待”。
(5)雙重聯(lián)合機制：是歐洲聯(lián)盟從1995年1月1日起實施的一種新的保護措施，它由二部分組成：一是對優(yōu)惠幅度的調整；二是與之相配套的緊急保護，即“畢業(yè)機制”。
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