按照我國同其他田家締結的避免雙重征稅協定、互免海運企業國際運輸收入協定、海運協議以及英他有關協議或換文，外國公司可以享受減稅或免稅待遇的，須自行或委托其扣繳義務人分別向當地主管國家稅務局填報(外國公司船船運輸收入免征企業所得稅證明表)，向當地主管地方稅務局填報(外國公司船舶運輸收人免征營業稅證朗表)，并提供其他有關證明文件。末申增免稅或不能提供有關證明文件的，不得享受免稅待遇。外國公司不能及時提交免稅證明的，應先按規定交稅，待取得免稅證明后再辦理退稅。
扣繳義務人在國際貿易出口項下向外國公司支付運費時，應向外匯指定銀行提交完稅憑證或免稅證明。不能按要求提供完稅憑證或免稅證明的，不得對外付匯。根據《稅牧征收管理法》的規定，扣繳義務人應扣末扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣末扣、應收來收稅款50%以上三倍以下的罰款。
無船承運人稅收管理
根據《國際梅運條例》及有關規定，中國企業法人和境外國際船船運輸公司在中國境內從事無船承遠業務，應向交通部提出申請并提交有關申謂材料，取得《無船承運業務經營資格登記證》。《國家稅務總局關于從事國際海運無船承運業務使用發票有關問題的通知》(國稅函[2002]404號)規定，在中國境內注冊，并依法取得交通部(無船承運業務經營資格登記證)的企業，可以向稅務機關申謂辦理領購、使用《國際海運業運輸專用發票》事宜、領購、使用《國際海運業運輸專用發票》。
對于從事無船承運業務取得的收入是按營業稅交通運輸業稅目(稅率為3％)交稅還是按營業稅服務業錦目(稅率為5%)交稅的問題，一時成為人們爭論的焦點。
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