辦理普惠制原產地證書簽證的基本程序是：
一、注冊登記。由申請簽發普惠制產地證書的企業（公司）事先向當地商檢機構辦理注冊登記手續。登記時須提交下列證件：
（1）經營出口業務的批準文件；
（2）國家工商行政管理部門核發的營業執照；
（3）由申請簽證單位法人代表簽署的、委托該單位人員辦理普惠制原產地證書申請及手簽事宜的委托書一份，及被委托之手簽人免冠半身一寸近照兩張。
上述證件，經商檢機構初步審核后，發給《申請簽發普惠制原產地證書注冊登記表》和《普惠制form a 原產地證書申報人注冊登記卡》各 — 式二份，由申請單位如實填寫，并在規定的時間內將上述表格遞交商檢機構審核。商檢機構確認該單位具有申請簽證資格后將準予注冊，申請單位應在同時交付規定的注冊費。之后，由商檢機構在指定時間內，對普惠制申請手簽人員進行業務培訓，考核合格后，簽發申報證件。申報人可在當年度內憑證向各地商檢機構辦理普惠制申請簽證業務。注冊地商檢機構每二年對已注冊單位及申請手簽人員進行復查。
二、申請出證。申報手簽人在本批貨物出運前五日到商檢機構辦理申請事宜。申請時一般應提交：
（1）《普惠制產地證書申請書》一份；
（2）出口商業發票（副本）一份；
（3）裝箱單一份；
（4）普惠制產地證書一套；
（5）對含有進口成份的出口商品申請簽證，申請人應填寫《含進口成份商品成本明細單》；
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